La estructura de la Dirección del Instituto Municipal de la Mujer Comalteca estará conformada por las siguientes áreas y coordinaciones:

• I. Consejo Directivo
• II. Dirección General;
• III. Coordinación Administrativa y contable;
• IV. Área de atención en Servicios Sociales; promotora
• V. Área de atención Jurídica; Facilitadora y
• VI. Área de atención psicológica. Aesora

El organigrama representa la estructura organizacional del Instituto Municipal de la Mujer Comalteca y la relación jerárquica entre las coordinaciones y áreas, así como también la dependencia que existe entre ellos, tal y como se muestra en el siguiente diagrama: